吴鸭梨

本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...

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一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...

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6.1 聚类介绍当我们标准化数据并消除了混杂因素，我们就可以进行与当前生物学问题相关的分析。分析的具体性质取决于数据。不过，有些分析在广泛的背景下很有用，我们将在接下来的几章...

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双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...

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单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...

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挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....

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3. 分析框架和工具介绍 3.1 单细胞分析框架和强大系统 如前所述，获得计数矩阵后，探索性数据分析阶段开始。由于数据的大小和复杂性，需要专门的工具。虽然在单细胞分析的早期，...

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学习生信代码的朋友可以直接跳转到下面2.7 实战案例，有完整和详尽的代码和分析流程。 2. 原始数据处理 在本篇中，我们将介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的“预...

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1. ScRNA-seq identified 11 major cell types in mice abdominal aortic tissues Fig 1a： NA...

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单细胞测序&空间转录组，双剑合璧，谁与争锋 编辑：ANIMUS 校对：ANIMUS 编者按：2020年初一场猝不及防的新冠肺炎疫情彻底改变了这个世界，也改变了我们每个人的工作...

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今年刚发在Advanced Science上的文章，影响因子16.806。 1. Mononuclear Phagocyte Atlas at Single-Cell Res...

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前言 前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充 主要介绍一下 GEVA、ssGSEA 和单基因的富集分析 GSVA 我们知道，GSEA 富...

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方法一 ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）ID转换用到的是bitr()函数，但我的SYMBOL 转 ENTREZID...

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1.背景知识 在一篇文章里看到了微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）与riskscore的关系图，就去查了一下，很好的背景知识资料：...

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基本概念 微卫星(Microsatellite)：基因组中的一类短串联重复DNA序列，一般由1-6个核苷酸组成，呈串联重复排列。由于其核心重复单元重复次数差异，微卫星具有群体...

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TCGAbiolinks包是一站式分析TCGA数据的R包工具，它集成了TCGA数据下载、分析、可视化的全部流程。此次系列笔记主要跟着 TCGAbiolinks帮助文档重新学习...