本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程 -
scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
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R数据格式：RData，Rds区别
.rds 和 .Rdata （也称为.rda ）文件都可用于以 R 本机格式存储 R 对象。与非本机存储方法（例如write.table相比，保存此方法有多个优点： 将数据恢...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——6. 生物学分析（1）6.1 聚类介绍当我们标准化数据并消除了混杂因素，我们就可以进行与当前生物学问题相关的分析。分析的具体性质取决于数据。不过，有些分析在广泛的背景下很有用，我们将在接下来的几章...
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单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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单细胞RNA-seq生信分析全流程——第三篇：分析框架和工具3. 分析框架和工具介绍 3.1 单细胞分析框架和强大系统 如前所述，获得计数矩阵后，探索性数据分析阶段开始。由于数据的大小和复杂性，需要专门的工具。虽然在单细胞分析的早期，...
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单细胞RNA-seq生信分析全流程——第二篇：原始数据处理学习生信代码的朋友可以直接跳转到下面2.7 实战案例，有完整和详尽的代码和分析流程。 2. 原始数据处理 在本篇中，我们将介绍单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的“预...
