众所周知，今年TCGA数据库更新了一波，原来的HT-Counts现在变成了STAR-Counts。TCGABiolinks包的下载流程也发生了一些小小的变化。这里重新梳理一下...
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TCGAbiolinks包下载更新后的TCGA数据
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10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文...
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10X空间转录组Visium:基本概念2019年12月3日10X空间转录组Visium流程发布了，不再是Coming soon...。流程打包Space Ranger软件里面，感兴趣的小伙伴可以安装下来学习了，自...
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10X空间转录组数据分析之空间注释（解卷积，STdeconvolve）hello，大家好，今天我们来分享一个新的空间注释的方法，当然主要思想还是解卷积，关于空间转录组的注释方法，我已经分享了很多了，在这里列举出来，供大家参考。 MIA用于单细胞...
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单细胞分辨率下肾细胞癌和微环境的多区域表征[10X单细胞联合10XVDJ分析、Mutation Calling]hello，大家好，我们的分析也慢慢进入深水区了，很多方法需要联合起来使用，如何灵活运用各种方法，就需要我们的经验和智慧了。今天分享的文献在Multi-regional ch...
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RNA速率分析的深入解析RNA速率分析是一个非常重要的分析内容，我们这里来深入解析一下这个分析内容（python版本，个人喜欢python），参考网址在Velocyto[https://velocy...
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CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图1. 软件简介 CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信...
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单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
