作者，Evil Genius 事业编考试临近了，希望大家都可以考出好成绩，成功上岸。 宇宙的尽头是编制，这句话在科研领域，是铁律，没有编制托底，认真搞科研无从谈起。 今天我们...
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第18篇HD文章--基因背景漂变识别缓解癌症治疗耐药的药物靶点 -
课前准备--CODEX（IMC）基础分析梳理作者，Evil Genius 我们也来到了空间蛋白组的课程范围了。 为什么做了空间转录组，还要做空间蛋白组，也就是说转录组和蛋白组的对应关系如何，这个多次在课程上谈到了。 C...
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顶刊分享--协调的细胞邻域在结直肠癌侵袭前沿增强抗肿瘤免疫（CODEX）作者，Evil Genius 今天我们分享文献，看看细胞邻域分析重要的生物学意义（CODEX）。 参考文献 知识积累 抗肿瘤免疫需要免疫肿瘤微环境（iTME）组分之间有组织的...
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文献分享---肿瘤微环境的空间解析基因表达谱揭示肺腺癌发展的关键步骤（scRNA + visium + xenium）作者，Evil Genius 生物信息，生物在前，技术为生物认知服务，所谓生信人员，要经常看文献，总结经验，学以致用，光会分析没有用，要和课题，生物研究相结合才行。 今日参考...
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多样本空间转录组分析异常组织结构域作者，Evil Genius 单细胞空间外显子课程这周第四课就结束了，感兴趣的可以联系。 今日参考文献 从多样本空间转录组学(ST)数据中检测和解剖异常组织结构域(DDATD...
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单细胞空间多组学分析中的外显子分析部分作者，Evil Genius 之前分享了很多关于多组学的内容了，其中涉及到外显子的部分分析呢，我基本都一笔带过了，很多高分文章都运用到了外显子突变类的信息分析，以下为文章示例...
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全外显子组测序（WES）分析2: SigProfiler（突变特征分析）SigProfiler 提供一套全面、集成的生物信息学工具，用于执行突变特征分析。该软件涵盖了从生成突变矩阵到特征提取的整个分析生命周期，以及绘图和模拟支持功能。 1. Si...
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10X单细胞、空间、WES测序分析揭示肿瘤微环境进化区域异质性作者，Evil Genius 科研和临床其实有很多共同的地方，大家都知道多组学是方向，目前单细胞转录组、ATAC、VDJ、空间转录组、空转VDJ、宏基因组、外显子等几个方向...
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为小鼠(GRCm38) 构建 GATK resource bundle前提：众所周知，GATK 为人提供了 一些 boundle resource ，但是没有提供小鼠的资源。比如dbsnp， indel，这些都是需要自己准备的。而在跑BaseR...
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课前准备----空间转录组微生物检测与分析作者，Evil Genius 参考文章Effect of the intratumoral microbiota onspatial and cellular heterog...
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GTF处理脚本 - GTFtoolsGTFtools：一个灵活而强大的GTF文件处理工具 GTFtools是一款用Python编写的命令行工具，专门用于处理基因转录格式（GTF）文件。GTF文件是一种用于描述基...
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单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析
引言 转坐酶（Transpose）检测染色质开放性（Accessibility）结合高通量测序（Assay for Transposase-Accessible Chroma...
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什么是大型语言模型 ？引言 在本文[https://medium.com/@waylandzhang/what-is-large-language-model-llms-zero-to-hero-...
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单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...
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【图结构】之图注意力网络GAT详解以及GAT的推广部分内容转载自：https://blog.csdn.net/qq_41995574/article/details/99931294[https://blog.csdn.ne...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析作者，追风少年i 系统总结nichenet多条件通讯差异分析 nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet[http://...
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空间转录组数据分析之空间轨迹（Spatial tendency）作者，Evil Genius 今天2024年5月21日，凌晨，也就是昨晚，又一个鲜活的生命在太原从桥上跳下。 往事不堪回首 今天我们来学习空间轨迹 空间轨迹包括空间基因轨迹和...
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一文看懂病原微生物检测（下篇）
作者：biofan审稿：童蒙编辑：amethyst 继一文看懂病原微生物检测（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
