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基因组注释01# | 重复序列注释（RepeatModler+RepeatMasker）写在前面 进行这部分重复序列提取和注释，主要是为了屏蔽基因组的重复序列，以保证后面基因结构注释的准确性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler对组装好的基因组进...
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monocle3 的安装monocle2在解决细胞轨迹排布结果可读性上确实让人欢喜，但monocle2有个致命的确定，就是分析的细胞数目有限，最近在分析一个65000多个细胞时的数据量时，在orde...
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单细胞测序上游分析-从原始数据到cellranger定量单细胞系列教程目录索引,持续更新...[https://www.jianshu.com/p/98fc6c80c216] 为避免造成环境污染，建议使用conda创建隔离环境进行...
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2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析转载自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 选择清除分析是常用于鉴定群体基因组水平受选择区域的一种方法，其...
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细胞器基因组（叶绿体、线粒体）组装神器GetOrganelle介绍
GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在Genome Biology[https://genomebiolo...
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SV工具包SURVIVOR的使用
SURVIVOR 是一套用于模拟/评估 SV、合并和比较样本内及样本间 SV 的工具集，其还可对SV进行重新格式化及进行统计总结，其他详细信息也可参考工具的wiki。 安装 ...
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SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
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manta分析SV的结果有点懵染色体SV (Structural Variation)变异包含Insertion、Deletion、Duplication、Inversions、Translocation...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
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ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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溯祖理论(coalescent theory)：Fisher-Wright模型以及中性溯祖参考文献：Yang Z. 2014. Molecular evolution: a statistical approach. Oxford(England): Oxford...
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【现学现卖】序列比对之identity VS similarity
今天对次生代谢产物基因簇（BGCs）的氨基酸序列比对的时候，看到结果文件里有%identity和%similarity两类输出结果。 上次比较了标准差和标准误（【现学现卖】标...
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动物线粒体基因组注释软件MITOS2安装与使用
MITOS2可用于注释后生动物以及真菌等线粒体基因组注释，主要注释线粒体18个核心基因（atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli...
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Dendroscope 超大型进化树可视化探索 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装有时候，我们会拿到一棵「很大很大的」树，比如可能有几千个节点。或者说，几千个蛋白序列推断出来的进化树。对于这类巨大树，可视化比较麻烦，探索上也麻烦。那么可以使用Dendros...
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使用Trinity进行转录组组装Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem开发的RNA-Seq数据 转录组组装工具，包括三个模块， Inch...
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如何快速查找物种间对应的同源基因有时候，大家做实验以小鼠为模型，但希望查看与之对应的人同源基因。像这种情况，我们可以不需要进行序列比对来查找，因为比较麻烦。使用公共数据可能更高效。 1.基于NCBI Hom...
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寻找同源基因工具OrthoMCL与OrthoFinder的安装与使用比较基因组学 简单介绍一下比较基因组学，Comparative genomics是基于基因组图谱和测序技术，对已知的基因特征和基因组结构进行比较以了解基因功能、表达机制和不同...
