2024-09-26 服务器上安装Seurat

Seurat 4.?升级Seurat5
报错

lazy loading failed for package 'Seurat'

报错

lazy loading failed for package 'SeuratObject'

原因似乎是
'Matrix'包版本过低1.5-1.4
而'Matrix'包版本>=1.6 需要R版本4.4,我摆烂了几年的服务器R版本才4.1
so服务器升级R-base,网上随便找的命令,也没有针对R

sudo apt-get update
sudo apt update

R --version

R version 4.4.1 (2024-06-14) -- "Race for Your Life" Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu

升级R的目的还是达成了。
删掉'Matrix'包,重新安装

install.packages('Matrix')
packageVersion('Matrix')
[1] '1.7.0

安装'SeuratObject'
install.packages('SeuratObject')

报错

compilation failed for package 'SeuratObject'

另一种安装方式
BiocManager::install("SeuratObject")
哦豁,Bioconductor也需要更新
Bioconductor - Install Get the latest version of Bioconductor
BiocManager::install(version = "3.19")

好嘛,179个包更新

+++++
shua,更新完毕
+++++

再次

BiocManager::install("SeuratObject")
*DONE (SeuratObject)

安装Seurat

BiocManager::install("Seurat")
*DONE (Seurat)
packageVersion('Seurat')
[1] '5.1.0'

需求:Rstudio的Console内容需要保存(安装R包时显示的完整信息需要保存)
交互式R命令的输出结果如何保存 | 生信菜鸟团 (bio-info-trainee.com)
还得是曾老师。

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